Eines der ältesten Museen im unabhängigen Litauen wurde von der Stadtverwaltung Kaunas im Jahr 1922 gegründet. Als Gründungsvater gilt Vincas Ruzgas (1890–1972), der langjährige Museumsleiter, ein bekannter Pädagoge, Lehrbuchautor und eine herausragende Persönlichkeit des öffentlichen Lebens. Von 1922 bis 1940 wurde das Museum dank Ruzgas nicht nur zu einem Zentrum für Lehrerfortbildung und Jugenderziehung, sondern auch zu einem der damals wichtigsten Kulturstandorten in Kaunas.

Während des Zweiten Weltkrieges wurde das Museum geschlossen. In der Nachkriegszeit wurden alle Ausstellungsstücke in den Räumlichkeiten der Bildungsabteilung Kaunas aufbewahrt. 1958 erhielt es den Namen Nationales Pädagogisches Museum und die Ausstellungstücke wurden der Öffentlichkeit wieder zugänglich gemacht. 1980 wurde eine Ausstellung eröffnet, die einen Gesamtüberblick über die Bildungsentwicklung in Litauen erstmalig bietete. 2002 wurde das Museum nach dem Trägerwechsel zum Pädagogischen Museum Bezirk Kaunas umbenannt. In seiner 84-jährigen Geschichte wechselte das Museum sogar neunmal den Standort. Als Museumsleiter waren neben Ruzgas auch Benediktas Šukvietis und Jonas Bielskis tätig. Seit 1. Juli 2010 ist das Museum Eigentum des Kultusministeriums. Im Jahr 2010 erhielt es die Bezeichnung Museum für litauische Bildungsgeschichte.