Один из самых старых музеев в Литве, который в 1922 году основало Каунасское городское самоуправление. Инициатором основания музея, а также его руководителем, был известный педагог, автор учебников, общественный деятель  Винцас Рузгас  (Vincas Ruzgas (1890–1972)).  С 1922 по 1940 год музей,  усилиями Винца Рузгаса, стал не только центром повышения квалификации педагогов,  местом  воспитания молодежи, но и центром культурной жизни Каунаса. Во время Второй Моровой войны музей был закрыт, а в после военное время его экспонаты хранились  в помещении oтдела Образования Каунаса. В 1958 году музей был назван Республиканским педагогическим музеем, а его экспонаты вновь стали доступны для посетителей.  В 1980 г. была открыта экспозиция, которая первый раз, последовательно рассказа посететелям о развитии образования  в Литве. В 2002 году музей был назван Педагогическим музеем Каунасского округа. За 84 года существования музей 9 раз менял помещения. Кроме Рузгаса музеем руководили Шуквиетис (B. Šukvietis) и Бельскис  (J. Bielskis).

С  1 июля 2010 г.  музей перешел в ведение Министерства культуры Литвы и был назван музеем истории образования Литвы.